工程与应用技术研究院（以下简称“工研院”）作为复旦大学“新工科”建设先行者，着眼国家“十四五”期间加快科技创新的迫切要求，围绕“四个面向”，注重推进产学研融合，已与重点科研院所、行业核心企业等建立了长期深入的合作关系。目前已与中国科学院长春光学精密机械与物理研究所、中国科学院上海技术物理研究所、中国科学院苏州生物医学工程技术研究所、中国工程物理研究院、中国电子科技集团、季华实验室、珠海复旦创新研究院、复旦大学义乌研究院、粤港澳大湾区精准医学研究院、中山复旦联合创新中心、华为技术有限公司、上海霄鉴生物科技有限公司、上海精测半导体技术有限公司、上海积塔半导体有限公司、北京世纪金光半导体有限公司、长春国科精密光学技术有限公司、江苏健姿医疗科技股份有限公司等开展了多种模式的全方位科学研究与成果转化合作。

在全面实施“健康中国2030”战略背景下，工研院聚焦医疗前沿，以科技创新为人民健康提供技术支撑，探索“医工结合”模式，助力医学研究与医疗技术发展。与复旦大学附属华山医院、复旦大学附属中山医院、复旦大学附属肿瘤医院、上海市口腔医院等建立稳定的“医工结合”联合攻关机制，定期举办“医工结合”论坛、组织“医工结合”项目，开展成果转化，并已成立复旦-自贸壹号医疗器械联合研究中心。

为服务国家长三角一体化、粤港澳大湾区、成渝经济圈、振兴东北等发展战略，紧密围绕地方经济社会发展中的重大需求，工研院利用研究领域及人才团队优势，与包括浙江、江苏、山东、吉林、安徽、河南、广东、四川、宁夏等地方政府建立合作关系，充分发挥高科技技术示范作用，科技助力脱贫攻坚，为地方产业转型发展注入创新动能，为强化国家战略科技力量作出贡献。